祖皇帝开国之后，册封十八名有功之臣为“保龙一族”，其称号世代沿袭，承担守护皇室安危的使命。百余年后，新任皇帝已即位不少时日，却因为朝堂上的权力争斗，始终被迫在丑女堆里煎熬，万般无奈的皇帝只能跑到市井妓院“藏香阁”之中选妃，却不料遭到江湖恶势力——东方不爱的暗算，贴身的十四名“保龙一族”护卫均力战而亡，皇上虽然被抓，不过依靠自己的不要脸和聪明才智逃入民间，行踪成谜。

繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……